Os controlos de acesso ajudam a manter os sistemas seguros, mas quando se interpõem entre as pessoas que fazem o seu trabalho, podem resultar em práticas que criam riscos de segurança adicionais. Por esta razão, o DHIS2 fornece funcionalidades que ajudam a contornar as barreiras comuns que podem ocorrer sem comprometer a segurança do sistema. Por exemplo, o DHIS2 suporta um modo operacional em que os utilizadores privilegiados podem fazer-se passar por outros utilizadores e realizar determinadas acções em seu nome. Nos programas Tracker, em que os utilizadores podem ter necessidade de procurar indivíduos que não estão associados à sua unidade organizacional (e que, por isso, normalmente não podem ver ou editar), o DHIS2 pode ser configurado para permitir que os utilizadores “quebrem o vidro” e acedam a esses registos, mas apenas depois de introduzirem um motivo para a operação, que é depois registado pelo serviço de auditoria.